O jogador de 20 anos, que se transferiu do Lens por US$ 42 milhões nesta semana, deu ao Chelsea o gol de abertura, marcado por Noni Madueke, após um recuo precipitado de cabeça com apenas três minutos de jogo.
Confira a classificação da Premier League
Khusanov recebeu um cartão amarelo e teve sorte de evitar uma expulsão após derrubar Cole Palmer antes de ser substituído no início do segundo tempo por John Stones.
Mas ele foi calorosamente abraçado por Guardiola e seus colegas no banco de reservas e apoiado pela torcida do City ao sair do campo.
"Pensei 'não foi o melhor começo'", disse Guardiola sobre sua reação aos minutos iniciais. "Mas lidar com (Nicolas) Jackson, com Cole, com todos esses jogadores incríveis, não é fácil, e eu adorei a reação de seus companheiros."
Guardiola aceitou sua própria responsabilidade por colocar Khusanov diretamente no centro da ação devido à sua crise de lesões na defesa.
Nathan Ake e Rúben Dias voltaram a ser desfalques, enquanto os minutos de Stones foram istrados, pensando no confronto crucial de quarta-feira pela Liga dos Campeões contra o Brugge.
"Tenho que aprender russo ou uzbeque para me comunicar com ele, porque ele não fala inglês fluentemente. Mas, nesse tipo de situação, não há muito o que dizer. Ele sabe que cometeu um erro", disse Guardiola.
"O que posso dizer? 'Não cometa um erro'. Ele não quer fazer isso. Nós sabemos disso. A reação no jogo foi incrível. Fiz a substituição do John, principalmente por causa do cartão amarelo. Não apenas pelo erro. Eu preciso do John para quarta-feira."
Final
O outro novo contratado do City, Omar Marmoush, teve uma estreia muito mais impressionante, já que os campeões ingleses se recuperaram graças aos gols de Josko Gvardiol, Erling Haaland e Phil Foden, e ultraaram o Chelsea e chegaram ao quarto lugar na Premier League.
No entanto, nem Khusanov nem Marmoush estão aptos a jogar contra o Brugge, uma partida que Guardiola descreveu como uma "final".
Qualquer coisa que não seja a vitória contra os campeões belgas fará com que o City seja eliminado antes da fase de mata-mata.
"Depois de sofrer o gol, emocionalmente, nós voltamos", disse ele. Há um mês, o Chelsea parecia estar garantido para voltar à Liga dos Campeões na próxima temporada.
Mas uma sequência de uma vitória em sete jogos no campeonato fez com que os comandados de Enzo Maresca caíssem para a sexta posição na tabela.
Não pela primeira vez, o goleiro Robert Sanchez cometeu um erro crucial com o jogo equilibrado em 1 a 1.
O espanhol saiu correndo desnecessariamente de sua linha para tentar interceptar uma bola longa para Haaland e foi surpreendido quando o norueguês chutou a bola para o gol vazio.
Foi o quinto erro que levou a um gol sofrido por Sánchez nesta temporada - o maior número de todos os jogadores da Premier League.
"Confiamos em Robert, com certeza, mas ao mesmo tempo ele está ciente de que está cometendo erros", disse Maresca. "Acho que o segundo gol mudou o clima. Eles têm jogadores que, a qualquer momento, podem mudar o jogo."